肠道微生物除了细菌,还有病毒!Cell子刊详解因人而异的肠道病毒

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人体肠道中存在的大多数病毒是噬菌体,它们若何与驻留细菌互相感化仍然是一个悬而未决的问题。

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固然肠道菌群近年来成为了研究热点,然则我们对它们的认识依然有好多空白的处所,好比涉及到肠道病毒,我们认识得就更少了。


为了理会这一群体,来自爱尔兰科克大学的一组研究人员对9位自愿者的肠道病毒进行了整整一年的监测,并对个中1人的肠道病毒进行了两年以上的监测。


研究发现人体肠道中存在多种类型的噬菌体,每小我的病毒随时间推移都是不乱的,并且存在个别差别。


这一研究发现发布在Cell Host & Microbe杂志上。


麦吉尔大学的微生物学家Corrine Maurice(未介入这项工作)说,这项研究“为肠道内的噬菌体竖立了主要的数据库。并且这也是我们所没有的数据库,这些数据将能指导我们提出一些非常酷的假设。这为我们供应了研究对象。有助于进一步研究这些噬菌体对我们健康的影响。


英国Quadram研究所Evelien Adriaenssens(未介入这项工作)透露,“这一研究证实了比来的报道,即成年个别之间没有共享焦点肠道病毒,这与我们微生物群的细菌成分形成了光鲜对比,在微生物群中,人与人之间存在沟通的菌群。


“我们需要对像如许的肠道病毒进行更多研究,竖立健康的人类肠道病毒基线,并考虑到地舆,种族和生活体式等方面的差别。在知道什么是健康肠道病毒之后,我们就能够起头研究复杂的疾病综合征。并确定病毒的哪些转变能够用作疾病的标记了。


科克大学微生物学家Andrey Shkoporov进展能竖立这个基线,他说:“我们想,‘好吧,在我们起头对分歧健康状况下的病毒体进行对照研究之前,为什么我们不考虑健康人之间肠道病毒的纵向不乱性和个别间差别呢?'”


这一研究小组每年每月从10个成年人(四个汉子和六个女人)收集粪便样本。他们从一名女性受试者平分别在19、20和26个月收集了三个样本。然后他们从粪便和细胞平分离出病毒颗粒,并测序了病毒核酸。


Shkoporov说,因为99%的肠道病毒是我们未知的,是以弗成能依靠现有的病毒序列数据库来找出那边的病毒。是以他们将片段组装成重叠的DNA序列,展望卵白质编码基因,然后测验检测数据库中卵白质之间的任何相似性,以及与或者由长片段DNA编码的卵白质之间的相似性。


Shkoporov增补说:“这能够匡助我们大略认识我们正在处理哪种病毒。


最新研究表明,单个病毒在研究的12或26个月内连结不乱,而且呈多样性,这意味着存在很多类型的噬菌体。尽管受试者的病毒群落跟着时间的推移连结一致,但每小我的肠道病毒看起来都与其他人都分歧。


Adriaenssens认为:“个别的病毒体非常分歧,细菌的微生物组更亲切相关。” “对我来说,这提出了一个问题,即在序列水平上不相关的噬菌体在分歧个别中占有沟通的位置。


研究小组还确定了病毒中含有很大比例的强力噬菌体,这些噬菌体味损坏细菌宿主以便滋生,包罗cras类噬菌体和Microviridae家眷成员。他们展望这两种病毒类型都邑传染常见的肠道微生物。


Adriaenssens说:“下一步的工作是弄清首要病毒的功能。我们需要将噬菌体与其宿主保持起来,为此,我们需要细菌和噬菌体的精巧培育系统,以及用于对其进行测试的模型系统。


“我们仍然不知道病毒和微生物组在人的肠道内若何互相感化,”圣路易斯华盛顿大学的儿科胃肠病学家Lori Holtz(未介入这项工作)透露。


这些发现还能够为将来研究微生物组在发育或疾病中感化供应参考,“还应包罗病毒,因为尽管我们并不完全认识这两个系统若何互相感化,但一定存在互相感化。


参考文献:

The human gut virome is highly diverse, stable, and individual specific



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